Egy San Franciscó-i kutatólaboratóriumban egyre közelebb kerülnek az Alzheimer-kór gyógyszerének megtalálásához. Ám a szer másképp hat az emberekre, mint a kísérleti csimpánzokra. Az emberek – köztük a kutatást vezető orvos (James Franco) apja – átmeneti javulás után váratlan és kezelhetetlen tüneteket produkálnak, a majmok agya viszont hihetetlen fejlődést mutat. A legokosabb kísérleti alany, Caesar megelégeli a rabságot, fellázítja sorstársait, és élükre állva kiszabadul a szigorúan őrzött intézményből. A majmok kíméletlen háborúba kezdenek elbizakodott teremtőik ellen, amit már senki nem tud megállítani…

A New York-i Természetrajzi Múzeum kiállító csarnokai telis-tele vannak csodás látnivalókkal: őskori szörnyek csontvázaival, ókori relikviákkal, kitömött afrikai ragadozókkal, barbár harcosok és legendás történelmi alakok viaszmásaival - ott állnak örök mozdulatlanságba dermedve, és jámboran tűrik, hogy a látogatók megbámulják őket. Ám egy éjszaka a múzeum új éjjeliőre rájön, hogy éjszaka a kiállítási tárgyak életre kelnek, és amit művelnek, mindennek nevezhető, csak jámbornak nem.
A hihetetlen kaland akkor kezdődik, amikor Larry Daley (Ben Stiller), a nagy álmodozó, aki mindig felsül zseniális ötleteivel, karácsony előtt megpróbál munkát találni. Jobb híján a Természetrajzi Múzeumba szegődik el éjjeliőrnek, s miután megkapja a gyors eligazítást, és kezébe nyomják legfontosabb munkaeszközét, az irdatlan elemlámpát, egyedül marad a múzeum kihalt termeiben. Legalábbis azt hiszi, hogy egyedül van.
De mi ez a zaj? Larry rémülten látja, hogy az őskori szörnyek, vadállatok és történelmi figurák egymás után életre kelnek - és a múzeumban elszabadul a pokol. A folyosón egy Tyrannosaurus Rex csörtet végig, a liftet Attila harcosai rohamozzák, a termekben afrikai vadállatok randalíroznak, és Larrynek fogalma sincs, hogyan zabolázhatná meg a káoszt. Az éjszakát csak a néhai elnök, Teddy Roosevelt (Robin Williams) segítségével sikerül túlélnie. Ám a lehetőség, hogy kirúgják állásából, és csalódást okoz kisfiának, megsokszorozza erejét. Larry harcot indít a múzeum megmentéséért. Egész életében az alkalomra várt, hogy valami nagy dolgot műveljen - és a pillanat elérkezett.

A kétballábas múzeumőr és az életre kelt kiállítási tárgyak jó erőben és tele energiával térnek vissza a 2006-os film folytatásában: Ezúttal a világ legnagyobb kiállító-komplexumában, a Smithsoninanben nyílnak meg a vitrinek: minden, ami nappal mozdulatlan és csendes, az éjjel igazi csatatérré válik. A római légiókon, a Húsvét szigeti kőszobrokon és Attila, hun királyon kívül most repülők, múmiák és néhány bronzszobor is elszabadul… és ki is jutnak a múzeum épületéből.

A karizmatikus egyetemi professzor, David Kepesh mindig is fiatal, kalandvágyó női tanítványai dicsfényében úszott, ám eddig egyiküket sem engedte magához túl közel. Amikor egy nap a gyönyörű Consuela Castillo lép be az osztálytermébe, a férfi addigi jól felépített álcája pillanatok alatt szétbomlik. A sötét hajú szépség rabul ejti és összezavarja. S bár Kepesh a nő testét valódi művészi mesterműnek tartja, Consuela még ennél is többnek bizonyul. Kepesh vágya Consuela iránt megszállottsággá válik, ám végül a megcsalástól való félelme és ebből következő féltékenységi rohamai elüldözik tőle a nőt.