1964-ben járunk a bronxi St. Nicholas iskolában. A vibráló egyéniségű, karizmatikus Flynn atya szeretné kicsit megváltoztatni az iskola túl szigorú szokásait, melyeket már réges-régen állított fel a vaskezű igazgatónő, Aloysius Beauvier nővér, aki a félelem és a szabályok erejében bízik. A politikai változások szele eléri a közösséget és az iskola a falai közé fogadja az első fekete diákot, Donald Millert. Amikor a reménytelien ártatlan James nővér megosztja az igazgatónővel észrevételét, miszerint Flynn atya túlságosan személyes érdeklődést mutat Miller iránt, az igazgatónő személyes keresztes hadjáratba kezd a pap ellen azzal a céllal, hogy eltüntesse őt az iskolából. Bár bizonyítékkal nem rendelkezik, Aloysius nővér a hite szerint száll szembe Flynn atyával.